Azerska nazwa miasta składa się z dwóch członów: ağ oznaczającego kolor biały oraz dam, czyli dom.
Pierwsze wzmianki o miejscowości pochodzą z XVIIIw, natomiast prawa miejskie uzyskała w 1828r. Przed wojną o Górski Karabach wytwarzano koniak, wino, działał przemysł maszynowy, była czynna stacja kolejowa. Miasto oraz jego wiejskie okolice zamieszkiwało prawie 130 tys. ludzi, z czego w samym mieście - 28 tys. Większość, ponad 90%, z nich stanowili muzułmanie, Azerowie.
W czasie wojny Agdam było świadkiem ogromnej bitwy między zwaśnionymi stronami.
Po klęsce azerskiej Operacji Goranboy, w której początkowo wojskom Azerbejdżanu udało się przełamać pozycje koalicji Armenii i Górskiego Karabachu oraz odzyskać prawie połowę obszaru Górskiego Karabachu nastąpiła kontrofensywa Ormian. W jej wyniku w dniach 12.06-23.07.1993 wojska starły się w mieście Agdam na przedgórzu Karabachu. Dotychczas spokojne miasto, otoczone wsiami stało się bazą wojsk Azerskich, które z wyrzutni GRAD ostrzeliwały pobliskie pozycje wojsk Górskiego Karabachu. Po obu stronach starło się po 6.000 żołnierzy wyposażonych w śmigłowce Mi-24, czołgi oraz wozy bojowe.
Azerowie odparli pierwsze ataki, czego dowodem była śmierć Monte Melkoniana, znanego dowódcy ormiańskiego. Mimo początkowych sukcesów, szala zwycięstwa przeważyła się na stronę koalicji, która po ofensywie z południa, 5 lipca otoczyła miasto. Nawet narodowa mobilizacja nie przyniosła skutku - Agdam padł 23 lipca 1993 roku, 25 lipca podpisano zawieszenie broni.
Konflikt skończył się zwycięstwem koalicji Republiki Górskiego Karabachu.
Rozpoczęła się hekatomba ludności azerskiej. W wyniku ofensywy ormiańskiej cała ludność miasta została zmuszona do ucieczki - na wschód do Azerbejdżanu, lub na południe do Iranu. Szacuje się, że w wyniku rozejmu i zajęcia przez Ormian terenów ok. 250 - 300 tys. ludzi pospiesznie musiało wyemigrować. Wojska rozszabrowały miasto, cegły z wyburzonych budynków użyte zostały do naprawy zniszczeń w Stepanakercie.Agdam stał się miastem widmo.
Miastem w strefie buforowej, granicznym. Granicą jest linia frontu, umocnień azerskich i ormiańskich, oddalonych od siebie o niecałe 5 km.
Wojska Górskiego Karabachu utworzyły w nim strategiczny punkt oporu.
Dzisiaj zamieszkuje go kilkanaście, może kilkadziesiąt osób, które trudnią się hodowlą trzody oraz prowadzą sklepy z których często korzystają żołnierze z pobliskich posterunków.
W 2008 "Lonely Planet" nazwał Agdam "Hiroszimą Kaukazu".
Teren miasta, chociaż nie jest szczególnie oznaczony, ani też zabezpieczony objęty jest zakazem wjazdu. Wiedząc, że i tak nie otrzymamy pozwolenia na wjazd, nie wpisaliśmy Agdam do celów podróży w naszych wnioskach wizowych. Nasze pozwolenie wyraźnie zakazywało zbliżania się do linii frontu.
W planach mieliśmy zwiedzenie meczetu w centrum miasta, jedynego budynku, który nie został zniszczony - żołnierze urządzili w nim spichlerz. Gdy jeden z fotoreporterów opublikował zdjęcia trzody chlewnej w okolicach meczetu, a także zwierzęcych odchodów wewnątrz - spowodowało to oburzenie i sprzeciw strony azerskiej. Prawdopodobnie dlatego, żołnierze wygrodzili teren i nie pozwalają zbliżyć się na 300m do meczetu.
W planach mieliśmy zwiedzenie meczetu w centrum miasta, jedynego budynku, który nie został zniszczony - żołnierze urządzili w nim spichlerz. Gdy jeden z fotoreporterów opublikował zdjęcia trzody chlewnej w okolicach meczetu, a także zwierzęcych odchodów wewnątrz - spowodowało to oburzenie i sprzeciw strony azerskiej. Prawdopodobnie dlatego, żołnierze wygrodzili teren i nie pozwalają zbliżyć się na 300m do meczetu.